Aufgrund ihrer Lage bieten die CJD Christophorusschulen viele gesundheitliche Vorteile. Besonders für Allergiker bedeutet das allergenarme Gebirgsklima eine wesentliche Erleichterung. Die Deutsche Gesellschaft für Klimatherapie bewertet die Hochgebirgslage der CJD Christophorusschulen als sehr vorteilhaft für Kinder mit Asthma, Atemwegsleiden, Hautkrankheiten (z.B. Neurodermitis) und Allergien. Mit großem Erfolg besuchen seit mehreren Jahrzehnten Asthmatiker die CJD Christophorusschulen und werden seit 1987 durch die enge Vernetzung mit dem CJD Asthmazentrum Berchtesgaden medizinisch rundum versorgt. Das Zentrum verfügt über Fachärzte für Pädiatrie, Pneumologie, Dermatologie, Kinder- und Jugendpsychiatrie sowie Arbeitsmedizin. Auch Diabetiker können betreut werden.